Os programas farmacológicos estão disponíveis em todos os EP, através da articulação mantida com os Centros de Atendimentos a Toxicodependentes (CAT).
Esta articulação permite assegurar a continuidade dos tratamentos iniciados em meio livre.
Nos EP de Caxias, Lisboa, Porto e Tires, a responsabilidade técnica destes programas é da DGRSP que, para além de dar seguimento aos tratamentos iniciados em liberdade, pode propor reclusos para tratamento, caso a equipe técnica responsável pelo programa considere que os mesmos reúnem as condições necessárias para o seu início.